På trods af dens lille størrelse – øen er groft tre gange størrelsen af Rhode Island – har Puerto Rico et varieret landskab. Fra bjergregioner til kystplaner, ørkener til regnskove, er disse variationer resultatet af øens dannelse som følge af vulkanisk aktivitet fra en nu inaktiv vulkan. Puerto Ricos varierede topografi har skabt en unik karst-region fuld af huler og sinkhuller.
Puerto Rico er den mindste og østligste ø i den caribiske økæde kendt som De Store Antiller. Øen er mest bjergpræget eller stejle bakker. Det skrøbelige geografiske betyder, at Puerto Ricos næsten 4 millioner indbyggere driver industrielle aktiviteter, fordi landbrug er så svært på øen. I dag bruges mindre end 10 procent af jorden til landbrug, ifølge U.S. Central Intelligence Agency's (CIA) World Factbook.
Puerto Ricos indre domineres af bjergkæden, som lokalt kaldes Cordillera Central. Denne kæde af bjerge løber øst-vest over hele øen. Rækkerne kaldes La Cordillera Central, La Sierra de Cayey, La Sierra de Luquillo og La Sierra Bermeja. Mange af de højeste toppe er over 1.200 meter, og Puerto Ricos højeste bjerg er Cerro La Punta på 1.338 meter, ifølge City-Data.com.
Oprindeligt dannet af erosion af de indre bjerge, strækker Puerto Ricos kystplaner sig generelt ca. 16 km indland på nordkysten, men kun ca. 3 til 13 km på sydkysten, ifølge Puerto Rico Encyclopedia. Disse planer er prædominante sandstrande. lige uden for Puerto Ricos kyst er Mona Passage, et stort skibsfartskanal, der giver en sikker rute til Panama-kanalen fra Atlanterhavet. San Juan er også en af de største og bedste naturlige havne i Caribien, ifølge CIA World Factbook.
Langs Puerto Ricos nordkyst ligger Aguada-Loíza karst-region. Ifølge Watersheds.org dannes et karst-område, når sedimentære klip eroderes af grundvand. Huler, tunneler og sinkhuller bliver tilbage, efter klippen er vasket væk. Puerto Ricos blev dannet over århundreder af Río Camuy, den tredjelængste underjordiske flod i verden. Denne flod dannede et omfattende hulesystem, et af de største i vestlige halvkuglen, faktisk. Denne linje af karst-funktioner løber fra Aguadilla i vest til en mindre hønsekød-bakke-formation i Loíza, som ligger lige øst for San Juan.
Udover Puerto Ricos Río Camuy løber mere end 50 vandløb gennem øen, selvom ingen er store nok til et stort skib, ifølge City-Data.com. De fleste floder flyder nordpå og udløber i Atlanterhavet. Puerto Ricos søer er hovedsageligt magaziner skabt fra damme af blokerede floder, som også leverer øen med noget kraft fra vandkraft.
Fajardo, beliggende på den østlige side af Puerto Rico, grænser op til Atlanterhavet og er en central knudepunkt for sejl- og sportsdykningsekskursioner. byen, med becnavnet La Metrópolis del Sol Naciente (byen, der vogter Caribiens sol), har omfattende naturarealer, herunder regnskove, koralrev og
Mens Puerto Rico generelt er kendt for strandfester, tropiske drikkevarer og en livlig natklub-scene, er der en række steder på øen, der tilbyder roligere, mere landskabsmæssige ferier. Det diverse og imponerende landskab, det trankvile hav og de frodige regnskove giver alle sig til en af disse mere
Den livlige natur af Puerto Rico i dag er repræsentativ for en række kulturelle indflydelser fra hele verden. Urindfødte Taino-stammer, spanske opdagelsesrejsende, afrikanske slaver, kinesiske indvandrere, europæere, cubanere og amerikanere udgør dets unikke kultur. Hvide sandstrande, naturundere og
